Vincent Guillemot
- Biostatisticien
- Intégration de données
Amaury Vaysse
- Bioinformaticien
- Analyse de données de séquençage
Nous nous présentons
Quiz de bienvenue
Allez sur www.kahoot.it ou sur l’application Kahoot!
Au programme
- Jour 1 : Bases de R
- Jour 2 : Manipulation de données
- Jour 3 : Réprésentations graphiques
- Jour 4 : Analyses statistiques de base
- Jour 5 : Analyse de vos propres données
Au programme… bis
Plutôt le matin
- Quiz du matin
- Explications avec exemples
- Exercices
Plutôt l’après-midi
- Quiz de l’après-midi
- Explications avec exemples
- Exercices
- Discussion de fin de journée
Au programme… ter
Avant le TP (dernier jour) :
- Entraînement à la maison (avec les tutos par exemple)
- Première version de l’analyse de vos données
- Préparation de questions pour le TP
- Discussion avec l’outil de votre choix (Slack, Teams ?)
ATTENTION
Vous devez avoir une idée des analyses à réaliser sur vos données.
Déroulement du cours
Pour favoriser l’interactivité de ce cours, voici ce que je vous propose :
- Des quiz (Kahoot, cf. programme)
- Des exercices réguliers
- Les étudiant·e·s sont sollicités régulièrement
- Tutoriels interactifs pour s’entraîner “à la maison”
Des données simples… pour moi
Composition de produits alimentaires (https://ciqual.anses.fr/)
Des données simples… pour moi
Nutriwi (https://www.nutriwi.com/)
Mais aussi…
- La page du cours : https://vguillemot.github.io/debuter/
- Les présentations au format PDF (et HTML)
- Les exercices et leur solution
- Des tutoriels interactifs
- Des feuilles de triches
Ressources
- Les feuilles de triche de Rstudio (EN) de
- La page STDHA sur les couleurs (FR)
- R pour les débutants d’Emmanuel Paradis (FR)
- L’aide-mémoire de Julien Chiquet
moRe !
- Livre R for Data Science : https://r4ds.had.co.nz/
- Livre R Cookbook : https://rc2e.com/
- Livre Modern Data Science with R : https://mdsr-book.github.io/mdsr2e/
- Livre Computational Genomics with R : https://compgenomr.github.io/book/
- Livre ggplot2: elegant graphics for data analysis : https://ggplot2-book.org/index.html
- Site de référence ggplot2 : https://ggplot2.tidyverse.org/reference/
- Extensions ggplot2 : https://exts.ggplot2.tidyverse.org/gallery/
- A ggplot2 Tutorial for Beautiful Plotting in R : https://www.cedricscherer.com/2019/08/05/a-ggplot2-tutorial-for-beautiful-plotting-in-r/
- Package R patchwork : https://github.com/thomasp85/patchwork
- Livre Circular Visualization in R : https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/
- Livre ComplexHeatmap : https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/
- Palettes de couleurs : https://github.com/EmilHvitfeldt/r-color-palettes
RNA-Seq
- Chaine YouTube StatQuest
- Site DoItYourself Transcriptomics : https://diytranscriptomics.com/
- Site RNA-Seqlopedia : https://rnaseq.uoregon.edu/